Nachdem sich Naturschutzorganisationen schon 20 Jahre zuvor für den Schutz des Wattenmeeres eingesetzt hatten, hat auch die Landesregierung von Schleswig-Holstein den Wert dieses wertvollen Ökosystems erkannt und 1985 das Gesetz zum Schutz des Nationalparks verabschiedet. So entstand mit einer Fläche von ca. 441.500 Hektar der größte Nationalpark zwischen dem Nordkap und Sizilien. Außer dem amphibischen Watt gehören Priele, Salzwiesen, Dünen und Sandbänke dazu, auch die fünf kleineren Halligen und die Außensände wie Norderoog- und Süderoogsand, Japsand, Blauort und Trischen.
Der Nationalpark hat sich zum Ziel gesetzt, dieses Naturerbe für künftige Generationen zu bewahren. Um Naturschutz mit Nutzungsinteressen in Einklang zu bringen, gibt es im Nationalpark Wattenmeer Zonen unterschiedlicher Schutzkategorien. So kann sich die Natur ungestört in nutzungsfreien Zonen entwickeln. Außerhalb dieser Gebiete ist eine naturverträgliche Nutzung durch Menschen möglich. Die Schutzstation Wattenmeer in Westerhever und die vielen örtlichen Infozentren wollen die Sinne der Wattenmeerbesucher für die Belange des empfindlichen Lebensraums schärfen. Mittlerweile besuchen jährlich ca. 500.000 Urlaubsgäste die Infozentren des Nationalparks Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer.
Größte Erfolge hat die Unterschutzstellung des Schleswig-Holsteinischen Wattenmeeres vor allem für die Salzwiesen gebracht. Noch in den achtziger Jahren waren fast alle Salzwiesen intensiv mit Schafen beweidet. Im Nationalpark sind 60 Prozent ganz aus der Beweidung genommen und 18 Prozent werden extensiv bewirtschaftet. Alle Formen der Salzwiesen konnten sich wieder entwickeln: von Pionierzonen mit Queller und Schlickgras über jüngere Stadien, die nach dem Andelgras benannte Andelzone, bis zu den älteren Stadien der Rotschwingelzone. Der höhere Bewuchs der Brachflächen kommt störanfälligen Brutvögeln zugute, die eine gute Deckung benötigen. Unbewirtschaftete Salzwiesen sind für den Seevogelschutz von hoher Bedeutung.
Die artenreiche Vogelwelt hat zudem vom generellen Jagdverbot im Nationalparkgebiet profitiert. Im Jahresdurchschnitt halten sich pro Tag 1 Million Vögel im Watt auf, im Spätsommer sind es sogar 3 Millionen. Im Oktober kehren große Schwärme von Ringelgänsen aus der Arktis zurück und lassen sich auf den Salzwiesen nieder. Da sie nicht bejagt werden, sind sie recht zutraulich und lassen sich gut beobachten.