Seit dem 1. Januar 1986 genießt das Niedersächsische Wattenmeer den höchsten Schutzstatus als Nationalpark, seit 1992 ist es von der UNESCO als Bioshärenreservat anerkannt. Mit 280.000 ha Fläche ist der Nationalpark Niedersächsisches Wattenmeer der zweitgrößte Deutschlands. Knapp die Hälfte davon ist das regelmäßig trockenfallende Watt, 44 Prozent sind permanent von Wasser überflutet und 7 Prozent oder ca. 19.000 ha bestehen aus den Landflächen der Inseln und der Küste.
Um das Ziel, den Schutz der besonderen Natur des Wattenmeeres mit Nutzungsinteressen zu vereinbaren, ist der Nationalpark Niedersächsisches Wattenmeer in drei Schutzzonen eingeteilt. In der flächengrößten Ruhezone, die 60 Prozent der Gesamtfläche einnimmt, hat der Schutz der Tiere und Pflanzen Vorrang. Auf den Wander-, Reit- und Radwegen dürfen die Besucher der Inseln die einzigartige Natur beobachten und genießen. Weit mehr Nutzungsinteressen werden in der Zwischenzone berücksichtigt, die das typische Landschaftsbild schützen soll. Größere Einschränkungen gibt es allerdings auch hier zur Brutsaison von Anfang April bis Ende Juli. Die Erholungszone in der Nähe der Bebauung dient in erster Linie der Erholung der Menschen.
Eine starke Brise weht dem Naturschutzbestreben von Seiten der Tourismus- , Fischerei- und Energiewirtschaft entgegen. Jährlich über 30 Millionen Übernachtungen bzw. 2 Millionen UrlauberInnen und 16 Millionen Tagesgäste üben einen ungewollten Druck auf die Schutzzonen aus. Immer wieder stören Besucher die empfindlichen Wat- und Seevögel beim Brüten. Der hohe Wasserbedarf im Sommer kann die Süßwasserlinse unter den Inseln empfindlich dezimieren und sich so nachteilig auf den Wasserhaushalt der Dünen auswirken. Zwischen Ems und Elbe fangen 143 Schiffe, davon 100 Krabbenkutter, 6.000Tonnen Krabben, 3.100 Tonnen Miesmuscheln und 2.000 Tonnen Fische an der niedersächsischen Küste. Die weiträumigen Windparks auf dem Festland stören heute schon die Rastplätze der Seevögel, dennoch sind weitere Windparks im Watt und auf See geplant.
Der Wattenrat Ost-Friesland kritisiert deshalb, dass die Naturschutzstandards zu wenig durchgesetzt werden: In den letzten Jahren sind sogar aus ökonomischen Gründen wieder Flächen aus dem Nationalparkgebiet herausgenommen worden. Wildmuschelbänke werden geplündert und die Jagd ist noch immer erlaubt.
Die Nationalparkverwaltung setzt mehr auf Aufklärung und Naturpädagogik. In den drei Nationalparkzentren in Cuxhaven, Wilhelmshaven und Norden-Norddeich und den elf Nationalparkhäusern auf den Inseln und an der Küste können sich die jährlich ca. 600.000 Besucher über die einzigartige Natur des Wattenmeeres informieren, an Exkursionen teilnehmen, Vorträge hören und vieles mehr. Zu den Aufgaben der Nationalparkverwaltung gehört auch, Beiträge zur Erforschung des Wattenmeeres zu erarbeiten. Hierzu zählen das Miesmuschelmonitoring und die Biotoptypenkartierung zur Dokumentation von Landschaftsveränderungen.